Calcolo: cluster per il calcolo numerico intensivo del Dipartimento di Fisica

Il servizio di calcolo numerico intensivo del Dipartimento di Fisica è affidato ad un cluster di macchine biprocessore. Il cluster ha come punto di accesso le macchine grid-ui.fis.unipr.it e emi-ui.pr.infn.it.

Benchmark Locali

Un software specifico, OpenMosix, si preoccupa di suddividere ed ottimizzare il carico di lavoro su tutti in nodi con architettura 32 bit.

Ganglia 3.0.2 Report grafico

Matlab R14 (Service Pack 3)
Mathematica 5.2 Licenze in uso

gcc
g++
g77

i686-unknown-linux-gnu-gcc
i686-unknown-linux-gnu-g++
i686-unknown-linux-gnu-g77
i686-unknown-linux-gnu-gfortran

x86_64-unknown-linux-gnu-gcc
x86_64-unknown-linux-gnu-g++
x86_64-unknown-linux-gnu-g77
x86_64-unknown-linux-gnu-gfortran

icc
ifort

L'accesso è riservato allo staff del Dipartimento di Fisica ed agli studenti in tirocinio presso il Dipartimento di Fisica dopo esplicita richiesta al Laboratorio di Calcolo Avanzato.

Compilatori per creare programmi a 64 bit e code dedicate consentono un utilizzo non interattivo del nodo con architettura a 64 bit.

Attività 2005
Attività 2006
Attività 2007
Attività 2008
Attività 2009
Attività 2010

Sul cluster è attivo un server PBS (Portable Batch System) che gestisce la sottomissione dei job. L'utente ha a disposizione sette code con differenti caratteristiche. La coda fast è indicata per job che richiedono la massima velocità di esecuzione. Solo alcuni utenti sono autorizzati ad utilizzarla. La coda long è la coda più adatta ai job di lunga durata. È la coda di default attiva sul server PBS. La coda didattica è riservata agli studenti. La coda matlab consente di lanciare script o comandi Matlab. La coda long64 è indicata per job a 64 bit. La coda fast64 è indicata per job a 64 bit. Solo alcuni utenti sono autorizzati ad utilizzarla. La coda stat64 è indicata per job a 64 bit. Solo alcuni utenti sono autorizzati ad utilizzarla.

Il comando lca-job-submit permette la sottomissione di job sulle code sgravando l'utente dalla necessita di creare uno script PBS per ogni job.

Per informazioni aggiornate su lca-job-submit:

lca-job-submit --help

Per conoscere la versione di lca-job-submit:

lca-job-submit --version

Per sottomettere un programma a 32 bit:

lca-job-submit job
lca-job-submit --queue=long job

Nei due casi il risultato è lo stesso perché è la long la coda di default.

Per sottomettere un programma a 32 bit che accetta opzioni ed argomenti:

lca-job-submit job --size=100x100 job.conf

Per sottomettere un programma a 64 bit:

lca-job-submit --queue=long64 job

Per sottomettere un programma a 64 bit ottimizzato per processori AMD Opteron:

lca-job-submit --queue=long64 --nodes=1:opteron job

Per sottomettere un programma a 64 bit ottimizzato per processori Intel Core 2:

lca-job-submit --queue=long64 --nodes=1:core2 job

Per sottomettere un programma a 64 bit ottimizzato per processori westmere:

lca-job-submit --queue=long64 --nodes=1:westmere job

Per sottomettere uno script Matlab:

lca-job-submit --queue=matlab job

All'avvio del job, alla conclusione o all'interruzione del job, PBS invia all'utente una e-mail di notifica.

Attenzione! Non spostare o cancellare il programma mandato in coda prima dell'avvio del job.

Un programma a 32 bit, lanciato con lca-job-submit sulla coda long64, verrà eseguito correttamente.

Un programma a 64 bit, lanciato con lca-job-submit sulle code fast e long, verrà automaticamente sottomesso sulla coda long64.

Esempio di sottomissione del programma hostname:

[fabio.spataro@calcolo ~]$ lca-job-submit hostname
lca-job-submit: PBS JOB 21.c32-ce.fis.unipr.it
lca-job-submit: PBS script written to ~/.lca/pbs/21.c32-ce.sh

Al termine del programma, lo standard error verrà scritto in hostname.e21, lo standard output in hostname.o21. I due file verranno creati nella directory corrente al momento del lancio di lca-job-submit.

Esempio:

[fabio.spataro@calcolo ~]$ lca-job-submit --queue=long64 --dry-run hostname
lca-job-submit: PBS JOB not submitted
lca-job-submit: PBS script written to ~/.lca/pbs/hostname

Esempio:

qsub hostname

Consultare la pagina man di qsub per informazioni sul formato dello script PBS.

All'avvio del job, alla conclusione o all'interruzione del job, PBS invia all'utente una e-mail di notifica.

Al termine del programma, lo standard error verrà scritto in hostname.e21, lo standard output in hostname.o21. I due file verranno creati nella directory corrente al momento del lancio di qsub.

Un programma a 32 bit, lanciato sulla coda long64 dallo script PBS, verrà eseguito correttamente.

Un programma a 64 bit, lanciato sulle code fast e long dallo script PBS, non verrà eseguito e terminerà con errore.

Esempi:

qstat
qstat -f 21
qstat -u $USER
qstat -u $USER -n
qstat -Q

Consultare la pagina man di qstat per ulteriori informazioni.

Esempio:

qdel 21

Consultare la pagina man di qdel per ulteriori informazioni.

Esempio:

qorder 21 22

Consultare la pagina man di qorder per ulteriori informazioni.

Esempio:

qmove long 21

Consultare la pagina man di qmove per ulteriori informazioni.

Per l'utilizzo del software crystal e' necessario collegarsi in SSH su emi-ui.pr.infn.it

Per eseguire la sottomissione di job paralleli deve essere utilizzata la coda parallel